La rhinite allergique (inflammation des voies aériennes supérieures) est caractérisée par des éternuements, le nez qui coule ou encore des conjonctivites. Elle peut être causée par le pollen, mais aussi par les acariens et les poils d'animaux. La spiruline peut être efficace dans le traitement de cette allergie puisque celle-ci va diminuer la sensibilité aux allergènes et inhiber la sécrétion d'histamine, responsable des éternuements et des autres manifestations indésirables. Une étude réalisée en Turquie dans les années 2000 sur un groupe d'environ 120 patients atteints de rhinite allergique a notamment prouvé que la spiruline était efficace pour atténuer les effets de ces allergies.